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Autores árabes como al-Udrī y al-Idrisi hablaban de la yazīra Qarbunayra, la «isla de Qarbunayra», refiriéndose al fondeadero y a la zona fortificada, en concreto a la isla. En los primeros documentos cristianos aparece como La Carbonera, que designa tanto la isla como el monte de enfrente y la batería para defender la costa. En 1918 adoptó el nombre actual de Carboneras. No se ha podido contrastar el sentido exacto de la forma árabe, ni si el nombre alude al carbón.
Hay hallazgos de la Edad del Cobre en el Saltador Bajo, con influencias de la cultura de Los Millares. Tras la guerra de Granada, los Reyes Católicos otorgaron mercedes y señoríos jurisdiccionales en pago de servicios. Diego López de Haro y Sotomayor, I marqués del Carpio, fue repartidor de las tierras de Vera y Mojácar y obtuvo el señorío jurisdiccional de Sorbas y Lubrín, en 1502. La población de Carboneras, dentro del señorío de Sorbas, tiene su origen en la construcción del castillo de San Andrés.