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Colmenar es el lugar donde se crían las abejas, donde hay colmenas. Según una explicación tradicional, sin comprobación documental, los orígenes del nombre se remontan siglos atrás, a una época en que el lugar era de paso de los viajeros que iban por el camino de Alcalá de Henares a Segovia. Un viejo apicultor empezó a ofrecer alojamiento a los viajeros, y algunos optaron por asentarse en la zona, dando lugar a una aldea que tomó el nombre con el que se la conocía entre los viajeros, «el colmenar del viejo», que iría evolucionando hasta Colmenar Viejo.
Colmenar Viejo cuenta con un importante número de yacimientos arqueológicos. Del Paleolítico se han encontrado algunas piezas talladas en sílex, y de la Edad del Bronce, cerámicas con incisiones en los bordes. La época de la que más restos se han hallado es la Edad Media, y más concretamente el período hispano-visigodo, de los siglos VI y VII, cuando se han encontrado vestigios de varias comunidades rurales dispersas.