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Donostia/San Sebastián es un nombre doble, con una forma castellana y otra vasca, y las dos recuerdan al mismo santo, san Sebastián, el mártir cristiano al que estaba dedicado un monasterio de la zona.
La forma Donostia procede, según la hipótesis más citada, de la propuesta de Koldo Mitxelena en 1955, que la hizo derivar del latín Dominus Sebastianus («señor Sebastián»), con la evolución Donasebastiai, Donasastia, Donastia y Donostia. Otra hipótesis dice que la evolución fue Done Sebastiane, Done Sebastie, Donesebastia y de ahí Donostia. También se recuerda que los vecinos llamaron Jaun Donosti a la ermita de San Sebastián de Orendain. Una hipótesis hoy descartada la hacía venir del latín dominus ostianus, literalmente «jefe del puerto».
San Sebastián aparece por primera vez en un documento del año 1014, en el que el rey Sancho el Mayor de Navarra pone el monasterio de San Sebastián en manos del abad de Leyre. El nombre de Sanctus Sebastianus figura por primera vez en un documento como nombre de la villa en el fuero de 1180. De ahí procede la forma castellana.
Las primeras menciones escritas del nombre vasco actual, Donostia, son de finales del siglo XV, y en el siglo XVI también lo escribió el alavés Juan Pérez de Lazarraga. A la ciudad se la llamó también Easo, porque durante siglos se creyó que correspondía a la ciudad romana de Oiasso, pero hoy se sabe que Oiasso estaba en la desembocadura del Bidasoa.