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El catedrático Ricardo Ciérbide publicó un artículo con las hipótesis sobre su etimología. Existe una etimología popular, muy extendida, que lo hace derivar de una supuesta Venta del Ciego que existió en el lugar; según la leyenda, el primitivo núcleo de población estaba donde hoy se encuentra la ermita de San Vicente y allí había una venta. Ciérbide no la considera verosímil por dos razones: Elciego está documentado desde una fecha muy temprana, 1067, con la forma El Cieko, y cerca hay otras localidades con la misma terminación -iego, Lanciego y Samaniego, lo que sugiere el mismo patrón en los tres topónimos.
La hipótesis que considera más plausible es que el nombre se forme con una raíz más el sufijo -iego, evolución romance del latín -eco, que tendría el mismo valor que -edo, 'lugar de'. La raíz sería elicina, 'encina', del latín vulgar elice, de modo que Elciego significaría 'el encinar'. Considera plausible, pero no probable, derivarlo del ibérico ilici con el mismo sufijo.
El primer testimonio escrito es de 1067, en el cartulario de San Millán de la Cogolla: el testamento de Aznar Díaz de Zieko, redactado en latín. Su historia no se entiende sin el Fuero de Laguardia, fechado el 25 de mayo de 1164 y otorgado por Sancho VI el Sabio, que benefició a la aldea de Elciego como a tantas otras.