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Elgoibar procede del euskera y se compone posiblemente de elge, «campo» (normalmente cultivado), y con seguridad de ibar, «valle» o «vega»: sería algo como «vega cultivada» o «vega del campo». La explicación encaja con la mención del campo de Elgóibar en la carta puebla de la villa. Sin embargo, los primeros escritos dan la forma Elgaibar, lo que muestra un cambio de vocal al unirse las dos palabras y sugiere que el significado quizá sea algo más complejo. En castellano se escribe con tilde, Elgóibar, para indicar la pronunciación.
La villa se fundó el 20 de diciembre de 1346 con el nombre de Villamayor de Marquina, por la carta puebla que Alfonso XI extendió en Valladolid, con el fuero de Logroño, en un lugar que se llamaba con anterioridad campo de Elgóibar. Hasta mediados del siglo XV aparece en la documentación como Villamayor de Marquina, pero en las ordenanzas de la Hermandad de Guipúzcoa de 1457 y 1463 figura ya como Elgóibar, nombre que ha prevalecido.