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El origen del nombre de Gijón (en asturiano, Xixón) suscita desde hace mucho tiempo un intenso debate entre los estudiosos, y no hay una explicación aceptada de forma general.
Ya en 1899, Miguel de Unamuno propuso que viniera del latín saxum, «peñasco», en alusión al promontorio donde se asentó el primer núcleo, el cerro de Santa Catalina, en el barrio de Cimadevilla. Otros autores buscaron el origen en voces celtas: una que significaría «agua rodeada», otra «gran hito» u «obra maestra», y otra «sitio estrecho y recogido, alto y bueno».
Otra teoría parte del carácter militar del primer asentamiento y propone la palabra latina sessio, la que aparece en expresiones como sessio legionis, y la relaciona con las llamadas «aras sestianas» de la Campa Torres. También se han buscado antropónimos, es decir, nombres de persona de los que derivaría el de la población.
La identificación popular de Gijón con la Gigia que cita Ptolomeo es discutida. Según el filólogo Xosé Lluis García Arias, esa población correspondería en realidad a un lugar del actual territorio leonés, quizá cerca del río Cea.
No se tienen noticias de asentamientos permanentes en el concejo hasta la aparición de los castros. El núcleo primitivo de la ciudad se levantó en el promontorio de Cimadevilla, junto a la bahía, y de él parte el nombre que hoy designa a todo el concejo, el más poblado de Asturias.