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Según algunos estudiosos, el nombre de Guareña proviene de un nombre de río, como en el francés Garonne: la doble «n» pasaría a «ñ», la «o» tónica diptongaría en «ue» y daría Garueña, y la «u» de «ue» sufriría metátesis, con lo que la primera sílaba quedaría en «ua» y resultaría Guareña. Otros opinan que, por estar ligado al arroyo que pasaba por el núcleo urbano, hoy canalizado, la primera sílaba provendría del término árabe «guad», que significa «río». Son dos hipótesis, y ninguna está establecida.
El asentamiento parece remontarse a la época prehistórica, aunque el origen concreto del enclave actual resulta difícil de establecer. En sus inmediaciones se ha encontrado el rico yacimiento tartésico de El Turuñuelo, así como vestigios de época romana y restos visigodos aparecidos a principios del siglo pasado. Después fue ocupada por los musulmanes, y en el siglo XIII aparece ya con la denominación actual. El municipio incluye también el núcleo de Torrefresneda.