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El nombre de Inca es de origen prerromano y se desconoce su significado. Ya Josep Maria Quadrado sugería que no se conoce ni la edad ni la lengua de origen del nombre, y otros autores comparten esa idea.
Se han descartado las etimologías árabes, como la propuesta por Alcover a partir de una supuesta palabra árabe hinka, que no existe en ninguna fuente conocida. En los textos árabes del Llibre del Repartiment, el nombre aparece siempre como lnkan, lo que sugiere un adjetivo, pero hay dudas sobre su formación. Algunos autores creen que podría derivar de qariat inqar, una expresión oscura de procedencia prerromana.
Otra posibilidad es que derive de Gebelincan, en que gebel significaría «montaña» en árabe y la segunda parte podría derivar de una palabra como kan. Ese nombre habría hecho referencia al Puig d'Inca, y después habría dado nombre a la villa. También se ha considerado una conexión con el barrio de S'Avencà, cercano al Puig d'Inca, que podría derivar de una forma medieval, Abincan.
Según el investigador Gabriel Pieras Salom, archivero y cronista oficial de Inca, la historia del municipio puede dividirse en prehistoria y época prerromana, romana, islámica, conquista, época medieval y moderna, y contemporánea. Debido a la ubicación y la orografía particulares de Inca, no hubo una diferenciación clara entre la prehistoria y la época prerromana, un período que va desde el año 2000 a. C. hasta el 123 a. C., con la conquista de Mallorca por la República romana.