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El origen del nombre de Irun está relacionado con el del nombre vasco de Pamplona, Iruña, y con el del municipio alavés de Iruña de Oca. Las tres localidades fueron posiblemente los tres asentamientos urbanos romanos más importantes del norte del País Vasco y Navarra, y aunque cada una tenía un nombre latino distinto (Easo, Pompaelo y Veleia), en la lengua local tenían una denominación parecida.
Esa denominación procedería probablemente de la palabra vasca (h)iri, «ciudad», y de un segundo elemento que no está del todo claro, pero que podría ser on, «buena»: «la buena ciudad». Algunos etimologistas hablan de «la gran ciudad».
En 1992 se encontraron en Irun importantes restos arqueológicos romanos que parecen confirmar que sería la ciudad de Oiasso, que los geógrafos romanos colocaban en la costa del territorio vascón y cuya ubicación exacta había causado cierta controversia durante siglos. El gentilicio «easonense», que se aplicaba a los habitantes de San Sebastián, se basaba en la suposición de que esta ciudad era la Easo romana.
Irun habría sido el asentamiento urbano y portuario relacionado con las cercanas minas de Peñas de Aya, que ya se explotaban en época romana. Durante la Edad Media y en los siglos posteriores, recibió el nombre de Irun-Uranzu, pero con el tiempo perdió ese segundo término.