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Durante la Edad Media recibió nombres como Leguarda, Gardia, Guardia, Guoardia, Lagarde, Lagardia y Laguoardia, hasta que quedó fijado el actual; el nombre completo era La Guardia de la Sonsierra de Navarra.
El nombre en euskera ha sido discutido. A finales del siglo XIX se extendió la idea de que antes del villazgo de 1164 se había llamado Biasteri, y se popularizaron etimologías como bi haitz herri ('pueblo de las dos peñas'), así que Biasteri se usó como nombre vasco hasta fechas recientes, incluso oficialmente. Después se llegó al consenso de que Biasteri era el nombre antiguo de la vecina Viñaspre, no de Laguardia. Otros defienden que el nombre vasco original era Legarda, porque en escrituras anteriores a 1164 aparecen 'Legarda' y 'Legarde' entre los límites de Logroño y Marañón. En 2003 Euskaltzaindia estableció que el nombre correcto en euskera es y ha sido Guardia, como la vecina Bastida (Labastida), según se desprende de topónimos menores como Guardiabidea en Lagrán y de otros parecidos en zonas más vascófonas, como Guardia, Guardiagoikoa o Guardiatxu. Con todo, el único nombre oficial del municipio es la forma castellana.
En el lugar llamado La Hoya hay un importante yacimiento protohistórico, un asentamiento prerromano de la cultura berona con más de mil años de ocupación, aproximadamente del siglo XII al II a. C. Los berones eran un pueblo de origen celta que se extendía por la actual Rioja, la Rioja Alavesa y el condado de Treviño. Otro yacimiento berón importante en su término es el de Santa Engracia. La villa recibió carta de villazgo en 1164. Su fuero, otorgado por Sancho VI el Sabio, benefició a aldeas del entorno como Elciego.