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El origen del nombre de Leganés no está establecido con certeza. El historiador Ángel Fernández de los Ríos propuso que los nombres de Leganés y de Leganitos, en Madrid, proceden de las palabras árabes algannet, «huertas», y alganit, «de las huertas», respectivamente. Esta explicación encaja con el pasado agrícola de la población, que durante siglos abasteció de hortalizas a la capital.
Se cree que la zona estuvo habitada por todas las civilizaciones que pasaron por la península ibérica, dada la abundancia de agua. En las inmediaciones de Polvoranca se han encontrado vestigios del Paleolítico superior, y en el arroyo de Butarque, restos de épocas prerromanas y visigodas.
La villa se fundó en 1280, durante el reinado de Alfonso X el Sabio, cuando vecinos de los poblados de Butarque y Overa se marcharon a otra zona para vivir, huyendo de los malos olores y de las epidemias provocadas por las lagunas cercanas. Entonces estaba integrada en el sexmo de Aravaca.