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Todos los filólogos reconocen en Legazpi la palabra vasca azpi, «debajo» o «parte inferior»; no hay acuerdo sobre el principio del nombre. Se han propuesto Legats o Legartz, «tierra grijosa» o «guijarral» (por la de los montes); Legatz, «merluza», que recordaría los dos peces del escudo municipal; y leku, «lugar», por estar en un valle entre montes altos.
La interpretación que se considera más probable es otra: los ferrones de Legazpi se surtían de hierro en las minas de los montes cercanos, en concreto Lekanburu (hoy Oilargain, en Motiloa), y lo elaboraban en el valle, a orillas del Urola. Habrían llamado Lekan-buru a la cima de Lekan y Lekan-azpi (Lekazpi, Legazpi) al lugar bajo las minas de Lekan.
El nombre se ha escrito tradicionalmente Legazpia, forma que se mantiene en castellano; la -a final es el artículo del euskera y suele perderse en los topónimos, por lo que hoy en esa lengua se dice Legazpi.
Según el relato local, el valle estuvo habitado por los gentiles, que conocían el secreto de obtener hierro en hornos rudimentarios llamados haizeolas. Hay túmulos neolíticos que reflejan una cultura pastoril, y desde el siglo XIV la comunidad se centró en la industria del hierro, con ferrerías que utilizaron primero la fuerza del viento y luego la del agua.