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El nombre de la aldea sigue siendo un problema no resuelto. La tradición supone que en el pueblo había tres casas pertenecientes a otros tantos hermanos, que por su enemistad se repartieron la herencia de tierras dejándolas muy «mal partidas», de donde saldría el nombre. Otra hipótesis parte de los estudios de Floriano Cumbreño sobre la toponimia de la zona: según este autor, la locución «pora val travieso» significaba «a través de los valles» y se convirtió en un topónimo que designaba distintos lugares del término, uno de los cuales derivó por corrupción fonética en Maltravieso; siguiendo un ejemplo parecido, Malpartida derivaría de «val-partida», es decir, «valle partido», por la topografía del lugar. Son dos hipótesis, y ninguna está establecida.
En Malpartida se da una secuencia histórica ininterrumpida desde los tiempos más remotos hasta hoy, con yacimientos de distintas etapas prehistóricas y testimonios de las épocas prerromana, romana, musulmana y bajomedieval. Del Paleolítico se conservan asentamientos de entre 250.000 y 150.000 años de antigüedad en Vendimia y Regato del Lugar, investigados por Eudald Carbonell; del Neolítico, asentamientos en el Canchal Carrasco y El Corchado.