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El nombre de Maó procede del latín Portus Magonis, «puerto de Magón». Popularmente se explica por el nombre del general cartaginés Magón Barca, hermano de Aníbal, que se lo habría dado cuando huía de los romanos en el año 205 a. C., tras el fracasado asedio de Cartago Nova. Joan Coromines refuta esta hipótesis, por la falta de base fonética e histórica, y critica la manía de querer encontrar detrás de topónimos prerromanos explicaciones relacionadas con héroes o caudillos de las grandes potencias imperiales, como relacionar Barcino con Amílcar Barca o Roma con Rómulo.
Según Coromines, el origen sería ligur-sorotáptico, igual que Mallorca y Menorca, así como el nombre romano de Ciutadella, Iamo. Se sabe, de todos modos, que Magón reclutó dos mil honderos en Menorca antes de la batalla, en un lugar resguardado sobre el puerto, según Plinio. La forma tradicional castellana, Mahón, con una h intercalada, no se considera correcta.
Mahón se halla sobre un puerto natural del Mediterráneo occidental. Tras la anexión romana se la llamó Portus Magonis. Tras la caída del Imperio romano, fue ocupada por los vándalos y reconquistada después por los bizantinos, y sufrió frecuentes ataques de normandos y musulmanes, hasta que en el año 903 fue conquistada y anexionada al califato de Córdoba. En 1287 la conquistó el rey Alfonso III de Aragón, y en 1535 sufrió un gran saqueo por parte de los corsarios de Barbarroja.