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El nombre de Marratxí tiene tres posibles orígenes. Antoni Maria Alcover y Francesc de Borja Moll pensaron que era el gentilicio de la ciudad de Marraquech, y el arabista Miquel Barceló sigue esa propuesta: sería la palabra árabe para «marroquí». Joan Coromines dijo que había que descartar esa explicación, y que se trataba de un derivado mozárabe del latín barraca, con la evolución barraccino y Marratxí, con el cambio de la b a m por propagación de la nasalidad. Guillem Rosselló Bordoy puso en cuestión esas etimologías y deja el asunto abierto. En castellano se ha escrito tradicionalmente Marrachí.
El nombre aparece documentado por primera vez en el siglo XIII, con las formas Marratxí y Barraxino, en referencia a la alquería que hoy se llama Son Sales. En el Libro del Repartimiento de Mallorca figura como Barraxino, y en 1279 una bula papal de Inocencio IV la cita como Santa Maria de Barrachino.
Los restos encontrados en el término municipal muestran que ha estado habitado por todas las culturas que ha habido en la isla, desde los pueblos talayóticos hasta los romanos, los árabes y los cristianos medievales.