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En el siglo XII el geógrafo al-Idrisi sitúa Aqabat Saqar, el «monte de Saqar», en el actual Mojácar, forma que derivaría después en Muyaqar. En los portulanos de los siglos XIV y XV el lugar aparece como Morço. Se ha hablado de una colonia griega llamada Murgis-Akra, pero no hay restos arqueológicos ni epigráficos que la prueben, y la ciudad íbero-romana de Murgi que citan Ptolomeo y Plinio se sitúa hoy en el Campo de Dalías, no en Mojácar. Por eso el origen del nombre debe considerarse incierto.
Mojácar ha estado habitada desde la antigüedad, como muestran numerosos sitios arqueológicos. Hay testimonios de poblamiento neolítico y de la cultura de Los Millares en el Cerro Cuartillas, hallados por el arqueólogo Luis Siret, y de las culturas campaniforme y calcolítica en Loma Belmonte. También hay asentamientos de época bajoimperial, de los siglos III a V, cuando pertenecía a la provincia romana de la Bética.