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La villa se llamó en sus orígenes solo Mora, después Mora de Aragón, y la administración la denominó Mora de Rubielos en 1860, para distinguirla de sus homónimas del resto del país. El nombre remonta al latín «Maura», «villa de Maurus», un cognomen tardío con tintes cristianos o indicador de origen mauritano, que abunda en las inscripciones. Junto a los topónimos procedentes de nombres de villas en -ana, -ina y -one, existió otro modelo basado en el nombre propio sin sufijo, con terminación femenina para concordar con «villa», como Mora de Rubielos.
En Mora de Rubielos se localizan dos importantes yacimientos arqueológicos. El primero, La Hoya Quemada, es un poblado del Bronce Medio en la cuenca alta del río Mijares, próximo al pueblo, donde se han descubierto parte de cinco grandes estancias de planta rectangular con un banco adosado de arcilla y piedra, muros de mampostería y manteado de arcilla mezclada con paja. Está en la comarca de Gúdar-Javalambre.