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El nombre de Níjar es de origen controvertido. La zona es rica en nombres árabes, pero este no resulta fácil de explicar desde esa lengua. En las fuentes árabes aparecen citadas Naṣar y Naṣīra, pero desde ellas no es fácil llegar a la forma actual, en la que sí parece reconocerse el sufijo colectivo mozárabe -ar, como en olivar o pinar.
El botánico Gonzalo Mateo Sanz propuso que procede directamente del íbero ni-jar, con el significado de «escarpado con matorral» (jara), pero esa etimología es filológicamente imposible, porque ignora las reglas de la evolución fonética de los nombres originados en la antigüedad. Todavía no existe, por tanto, una explicación convincente sobre el origen del nombre.
Se tienen indicios de presencia humana en el municipio desde el Mesolítico, hace unos 10.000 años, por las figuras pétreas encontradas en la zona de Los Escullos. Durante el Neolítico final y la Edad del Cobre hubo asentamientos colectivos, que podrían encuadrarse dentro de la cultura de Los Millares, y los de la Edad del Bronce estarían vinculados a la de El Argar. En la pedanía de El Barranquete se encuentra una necrópolis de la Edad del Cobre, del poblado calcolítico del Tarajal, con once enterramientos en tholos.