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Desde su primera mención escrita, en 1257, el valle recibió en castellano el nombre de Oquendo, hasta que en 1980 el ayuntamiento impuso la forma Okondo, que desde su publicación en el BOE en 1989 es el único nombre oficial.
Sobre el significado se pudo pensar en ukondo, 'codo' en euskera, con el sentido de recodo de río, pero los filólogos piensan más bien que deriva de oka más ondo. Eso explicaría mejor la variante castellana y una de las vascas. Ondo es muy común en la toponimia vasca y significa 'junto a'; el primer término, oka, es enigmático. Podría ser el mismo que aparece en numerosos topónimos de España (río Oca de Bizkaia, río Oca de Burgos, Nanclares de la Oca, Montes de Oca, Ocaña). Según Federico Barrenengoa, especialista en toponimia, oka significaría 'río'. Hay pocas referencias escritas al nombre en vasco, basadas sobre todo en los escritos en euskera de José Pablo de Ulibarri, natural del valle, a comienzos del siglo XIX, que transcribió el nombre como Okondo y Ukondo.
Okondo, al norte de la provincia, ha sido escenario de numerosos litigios y conflictos. Desde el siglo XI formó parte del señorío del conde de Ayala, hasta que en 1521 el rey de Castilla animó a su población a incorporarse al señorío de Bizkaia para librarse de los abusos de los Ayala. Así pasó transitoriamente a Bizkaia, hasta que en 1590 decidió funcionar como independiente, aunque dentro del régimen de las Juntas de Ayala. En el siglo XVI recibieron tierras en el valle varios caballeros que habían participado en la conquista del reino de Navarra.