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Se desconoce exactamente la procedencia del nombre de Pareja. Un autor indica que podría derivar del latín parelia, «pared» o «muro», en referencia a alguna antigua estructura militar, dada su posición. Otro lo relaciona con una raíz pal-, que haría referencia al hidrónimo «estanque». Un tercero coincide con el primero y lo ve como diminutivo del latín paries, «pared». Ninguna de las hipótesis está demostrada.
En 1156 Alfonso VII de Castilla donó Pareja y sus aldeas próximas, Chillarón del Rey, Parejuela, Alique, Hontanillas, Casasana y Tabladillo, al obispo de Sigüenza, Pedro de Leucate. Estuvo poco tiempo bajo su dominio, porque en 1177 Alfonso VIII conquistó Cuenca a los andalusíes y en 1198 donó a perpetuidad el enclave de Pareja y sus aldeas al obispado de Cuenca. Los obispos conquenses eligieron la villa para vivir en ella durante largas temporadas, y por invitación suya se alojó en Pareja Alfonso VIII en 1214. El término incluye los núcleos de Casasana, Cereceda, Pareja y Tabladillo.