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El municipio nació de dos aldeas de pescadores y pilotos, San Pedro y San Juan, situadas a ambos lados de la bocana del puerto; sus nombres se deben a las advocaciones de sus iglesias parroquiales. El nombre de Pasaia (Pasajes en castellano) procede de Pasage, que aparece a finales del siglo XV para referirse a la ría y que fue posiblemente un término traído por los gascones asentados en el lugar en la Baja Edad Media. Durante siglos se habló gascón junto al euskera, y entre las palabras conservadas figura passaje como sinónimo de puerto, por lo que una de las teorías es que significa simplemente «puerto».
Otra relaciona pasage con «pasaje» en el sentido de estrecho, por la estrecha y característica bocana del puerto. Una tercera, menos extendida, lo hace derivar de un tributo llamado pasage que se pagaba por pasar por el lugar.
Originalmente la ría se conocía como puerto o ría de Oiarso, antiguo nombre del valle y del río que hoy se llama Oyarzun. Perteneció al ámbito del valle de Oiarso y fue objeto de disputas durante siglos entre las localidades ribereñas. En 1180 se concedió a la villa de San Sebastián la jurisdicción sobre la ría, y en 1203, cuando Alfonso VIII creó la villa de Fuenterrabía, la ría del Pasage quedó convertida en la frontera entre ambas jurisdicciones.