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Según Juan Ambite, el nombre de Pezuela parece tener su origen en los primeros repobladores castellanos y no en la adopción de un término andalusí. Aparece por primera vez en 1124 en un documento de deslinde entre Zorita y Almoguera, con la forma «Pizola»; después «Pezola» en 1190 y «Pecuela» en 1214, forma que se adopta definitivamente, con el cambio de la antigua «ç» por la «z» moderna en el siglo XVIII. Deriva con mucha probabilidad de «pozo», por la abundancia de pozos en la zona, indispensables en aquella época.
La coletilla «de las Torres» es reciente: en 1642 el primer conde de Pezuela, Bartolomé Spínola, haciendo uso de su condición de señor, alargó el nombre hasta «Pezuela de las Torres».
Aunque se cree que los primeros asentamientos podrían haber sido de origen musulmán, la historia de Pezuela comienza con la reconquista cristiana de Alcalá, en 1118, cuando Bernardo de Cluny, arzobispo de Toledo, lideró la toma de la ciudad en nombre de Alfonso VII. El rey concedió al arzobispado la jurisdicción eclesiástica y política de Alcalá y su alfoz en 1129, y Pezuela, una de las aldeas del alfoz, pasó a ser señorío eclesiástico toledano. Está junto a la provincia de Guadalajara, en la Alcarria de Madrid.