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El origen del nombre de Pilar de la Horadada se debe a la construcción de numerosas torres de vigilancia que, durante la Reconquista, fueron muy comunes en los municipios de la costa para avistar las aproximaciones marítimas y evitar las incursiones de los piratas. Una de esas torres, la Torre Horadada, se llamaba así por la roca donde se erigía, que tenía un agujero y recibía el nombre de peña Horadada, y de ahí vino el nombre de Campo de la Horadada. Posteriormente, en el siglo XVIII, por el patronazgo de la Virgen del Pilar sobre la localidad, el núcleo de población cambió su nombre por el de Pilar de la Horadada.
Se han encontrado vestigios de época romana en Pilar de la Horadada, donde estuvo Thiar, un punto de parada de la Vía Augusta entre Cartago Nova e Illici. La Vía Augusta, una de las calzadas romanas más importantes, que desde los Pirineos va paralela a la costa levantina, cruza el término municipal, y muchos historiadores sitúan aquí la mansión romana de Thiar.