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El nombre reúne el de dos núcleos. Piñuécar se relaciona con la flora de su término, donde predomina el pino, en especial el pino silvestre (Pinus sylvestris); sería un vocablo derivado de las voces «pinar», «pinho» y «pino».
Sobre Gandullas, que antes se llamó «Ganduelas», lo más probable es un origen vasco, como el de otros pueblos de la zona: de «gandu», «niebla» o «bruma», frecuente allí en los meses lluviosos y fríos, y del sufijo vasco «-ela/s», referido a las cabañas o chozas de pastores, lo que encaja con la tradición de que el pueblo lo formaron pastores llegados de Buitrago del Lozoya que levantaron chozas. Otra teoría lo hace venir del castellano antiguo «chandulla» o «chanduya», «lugar donde abundan las guindas o cerezas», pero tiene menos sentido por el clima de la zona. Ninguna está confirmada.
El municipio lo forman dos núcleos de población, Piñuécar y Gandullas, en el valle del Lozoya y la Sierra Norte. En las fuentes consultadas no hay más datos fiables sobre su historia.