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Según un estudio del historiador José Ángel Tapia, el municipio lleva el nombre de Rioja porque, con la conquista cristiana del reino de Granada, algunos topónimos árabes se sustituyeron por otros castellanos, debido a lo difícil que resultaba su pronunciación para los nuevos pobladores. El propietario cristiano que se asentó en estas tierras a partir de 1500 habría dado el nombre actual al pueblo. Los documentos más antiguos son del siglo XVI y lo nombran a veces como Pago de Rioja, y uno de 1530 cita a un tal Francisco de Logroño en el pago de Rioja, maestro de la catedral de Almería. Este Francisco, o un familiar suyo, habría dado a la localidad el nombre de su región de procedencia. La hipótesis se apoya en que cerca existe también el topónimo riojano Baños de Alfaro.
El área está poblada desde, al menos, el Calcolítico, con la cultura de Los Millares, en yacimientos del cerro de la Chinchilla y el cerro El Fuerte. La época musulmana fue el período de mayor esplendor de Rioja, hasta la llegada cristiana hacia 1489. En el siglo XIX la economía tuvo un gran empuje gracias a la uva de Ohanes.