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Los musulmanes dieron a la población el nombre de Ribāṭ Rūṭa, que significa «rábida de la Ruta». Esa rábida era un lugar de peregrinación al que acudían los musulmanes de al-Ándalus para alcanzar el perdón de sesenta años de pecados, y para llegar a ella seguían el camino de la Vía Augusta. Por ello, el nombre Rota derivaría de un término del latín, rupta, con el significado de «ruta», y sería un nombre mozárabe empleado en árabe, pero procedente de otro latino anterior.
Algunos autores han llegado a decir que el nombre romano de Rota era Speculum rotae, pero eso no es cierto, porque se trata de una simple traducción al latín del nombre árabe Ribāṭ Rūṭa. También se ha dicho que procede de Asturojthos o de Astaroth, pero ambos son nombres ficticios que no aparecen en ninguna fuente antigua. Otra teoría sostiene que derivaría del latín rupta con el significado habitual de «rota», parecido al de El Rompidillo, el pequeño acantilado de la parte oriental de Rota donde rompían las olas del océano.
Los primeros restos arqueológicos se remontan a la prehistoria, y se ha encontrado una necrópolis de la Edad del Cobre. La villa de Rota fue presumiblemente fundada por mercaderes fenicios, que también fundaron Cádiz. De origen fenicio serían también los llamados «corrales», aunque hay una creencia popular de que son de origen romano.