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Sanlúcar es un nombre que llevan o llevaron otros lugares de la Baja Andalucía, que se distinguen entre sí añadiendo un apellido. En este caso, el apellido es Barrameda, una palabra de origen árabe que se ha interpretado como «puerta» o «tierra movediza», y que haría referencia a una barra transversal del río que dificultaba la navegación.
Sobre la etimología de Sanlúcar no hay consenso entre los estudiosos, y existen varias hipótesis. Podría proceder del árabe shaluqa, nombre del viento de Levante (siroco o jaloque), pero es la hipótesis menos probable, porque en Sanlúcar el viento de Levante sopla con menos intensidad que en cualquier otro punto de la provincia de Cádiz. Otra la hace proceder del latín sub lucare, «tras el bosque», con la transformación de sub en so y luego en san por etimología popular.
La hipótesis más factible, por los restos arqueológicos de la zona y la similitud con las palabras latinas, propone que Sanlúcar deriva de sanctus locus, «santo lugar», en referencia al Tesorillo de la Algaida, un santuario dedicado a la diosa Astarté o Venus, del que se conservan restos arqueológicos.
El término de Sanlúcar está habitado desde la Antigüedad, y se supone que perteneció al ámbito de la civilización de Tartessos. Se cree que, en ese periodo, la ciudad recibió el nombre de Aipora, que más tarde derivó en la Ébora romana.