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El nombre moderno de Sant Boi de Llobregat procede de la iglesia de San Baudilio, cuya existencia se menciona ya en el siglo IX. Según el lexicógrafo Emilio Nieto Ballester, el culto a san Baudilio, un mártir de Nîmes, en el sur de Francia, que murió en el siglo IV, está documentado desde muy antiguo en la península.
En catalán, el nombre evolucionó hasta Boy o Boi a partir de Baudili, el genitivo de la expresión latina ecclesia sancti Baudilii, a través de la monoptongación de /au/ y la desaparición de la /d/ entre vocales y de la /l/ final. El proceso es claro, a diferencia de lo que pasó con otras formas del mismo nombre, como Samboal, en Segovia, o Sambollo, en La Coruña. La segunda parte, «de Llobregat», añade el nombre del río.
Aunque los restos romanos son importantes, se desconoce el nombre romano del municipio, y la identificación que a veces se ha propuesto con la Subur que menciona Plinio no tiene fundamento.
El nombre más antiguo documentado (965) es Alcalá, que significa «castillo» en árabe. Ese castillo, hoy desaparecido, fue construido casi con seguridad por los árabes hacia el año 801, cuando los francos conquistaron Barcelona, y este nombre borró el anterior que debía de tener la población. A pesar de los intentos fallidos de los condes de Barcelona, desde 1012, de darle el nombre de Castelló, el topónimo árabe se documenta al menos hasta el siglo XIII.