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El nombre de Sant Joan d'Alacant significa «San Juan de Alicante». Sant Joan es san Juan, el santo al que está dedicada la parroquia, y «d'Alacant» alude a la ciudad de Alicante, de la que el municipio formó parte durante siglos. En castellano, la forma tradicional es San Juan de Alicante.
La historia de San Juan de Alicante está estrechamente relacionada con la de Alicante. Considerada el corazón sentimental y geográfico de la fértil huerta de Alicante, probablemente fue elegida como asentamiento por las antiguas civilizaciones que llegaron a estas tierras.
Las primeras referencias encontradas datan del siglo IV a. C., porque en 2016 se recuperaron unos restos arqueológicos compuestos por cerámicas ibéricas pintadas y estructuras hidráulicas que aparecieron en un solar en construcción entre la avenida Benidorm y la N-332. Los restos también constataron la presencia de cerámicas romanas de lujo datadas en torno al siglo I a. C.