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El nombre de Santa Pola parece, en principio, una derivación de Santa Paula, aunque habría que documentar si alguna vez se dio culto en esta zona a esa santa. Una explicación muy probablemente popular lo hace derivar del nombre latino del apóstol san Pablo que, según una tradición local, habría desembarcado en la vecina isla de Tabarca.
Por último, algunos autores señalan que el verdadero origen podría estar en el latín palus, «humedal», que por metátesis pasaría a pauls y de ahí a pol. Esta hipótesis tiene sentido, pero deja sin explicar el «Santa», y faltaría documentar el uso local continuado de esa palabra durante muchos siglos.
Los primeros vestigios de vida humana en el área de Santa Pola se remontan al tercer milenio a. C., con materiales y pinturas del Eneolítico en la cueva de las Arañas del Carabassí y restos de cazadores-recolectores del Paleolítico superior en la cueva de las Teresitas. En el siglo IV a. C. se construyó un poblado ibérico amurallado en la desembocadura del río Vinalopó, que sirvió de base comercial, sobre todo con Grecia. En el siglo I se construyó cerca un puerto que servía a la ciudad de Illici y que se llamó Portus Illicitanus.