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El primer nombre con que figura el pueblo es Rubeum, una denominación latina que se da a la condición de terreno rubio o rubial. En el siglo XI se añadió el calificativo de villa, y nació Villa Rubeum, que después se unió y se convirtió en Villarrubia al desaparecer el latín. Hasta el siglo XVI no se le añade el complemento de los Ajos, cuando en la villa había muchos cañamares y se sembraba mucha rubia, una planta muy valiosa para los drogueros. En el siglo XVIII aparece el nombre completo de Villarrubia de los Ojos del Guadiana, por los ojos o manantiales del Guadiana, y por desuso de del Guadiana pasó a llamarse Villarrubia de los Ojos.
Hay restos arqueológicos muy variados, que confirman la presencia humana a lo largo de miles de años, con presencia íbera, romana y árabe. La villa perteneció unos pocos años del siglo XII a la Orden de San Juan, y después a la de Calatrava, hasta el siglo XVI, cuando el rey-maestre la enajenó al conde de Salinas.