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Sobre el origen del nombre de Villena hay cierta polémica. Ramón Menéndez Pidal propone que habría evolucionado de un hipotético nombre de persona, Bellius o Vellius, con el sufijo -ana, como Lucena (Lucius más -ana) o Maracena (Marcus más -ana), lo que daría la forma romana Belliana o Velliana. Sin embargo, ni Belliana ni Bellius se han documentado en época romana, y además la evolución de Belliana a Villena presenta ciertas dificultades fonéticas.
Por eso, Domene Verdú indica que el origen del nombre sería el término árabe Bilyāna, netamente árabe, que significaría «la llenada (por Alá)».
El primer nombre del que se tiene constancia en la zona es Ad Turres, que aparece en los Vasos Apolinares y se ha identificado con alguna de las villas romanas o postas de la Vía Augusta, entre Villena y Fuente la Higuera.
La forma árabe Bilyāna, documentada a partir del siglo XI, habría evolucionado de dos maneras. Por un lado, siguiendo las normas del castellano medieval, a Belliena, como aparece en la Historia Roderici, hacia 1190. Esa forma habría desaparecido tras la conquista cristiana de 1241 a favor de Billena, según las reglas fonéticas del aragonés, que hablaban la mayor parte de los repobladores cristianos. A partir del siglo XV, atraída la grafía por la palabra villa, por la confusión ya mayoritaria entre b y v, se consolidó la forma Villena, que ha permanecido inalterada hasta hoy.