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Vitoria-Gasteiz es un nombre doble que reúne dos nombres de épocas distintas.
Gasteiz es el nombre más antiguo de la aldea. La hipótesis más citada es la del filólogo Alfonso Irigoien, según la cual sería un derivado patronímico del nombre de persona Gaste (variante occidental de Gartzea, relacionado con García), al que se añadió el sufijo -iz, que procede del genitivo latino y expresa pertenencia. Significaría, por tanto, «de Gaste», con un nombre de persona que se convirtió con el tiempo en topónimo.
Vitoria, en cambio, es el nombre que le dio el rey de Navarra Sancho el Sabio al fundar la villa nueva en 1181. Se llamó Nova Victoria, «Nueva Victoria», un nombre propagandístico que no recuerda ninguna batalla concreta y que se eligió en pleno conflicto con la corona de Castilla.
El nombre más antiguo conocido es Gastehiz, que aparece en el año 1025 en el cartulario del monasterio riojano de San Millán de la Cogolla, en el documento llamado Reja de Álava, que recoge los impuestos que pagaban los pueblos alaveses.
En 1181, Sancho el Sabio fundó la villa de Nova Victoria sobre la antigua aldea de Gasteiz, y en el documento fundacional se cita expresamente el nombre anterior. En el año 1200 el rey Alfonso VIII de Castilla conquistó la villa, con la ayuda de Diego López II de Haro, tras un asedio de siete meses.
El nombre de Vitoria acabó imponiéndose, y el de Gasteiz cayó en desuso, incluso en la toponimia menor, hasta que volvió a utilizarse. Algunos autores identificaron Vitoria con Victoriacum, la ciudad que habría fundado el rey visigodo Leovigildo, pero esa identificación no tiene más prueba que un breve pasaje de Juan de Biclaro y ha sido rechazada. En la actualidad, el nombre oficial reúne las dos formas.