Cargando el mapa…
Se cree que Cigoitia deriva de la expresión vasca Zuia goitia, 'Zuya de arriba', siendo Zuya el valle y municipio que limita al oeste. En la Reja de San Millán de 1025 se mencionan una Zuffia de Suso y otra Zuffia de Iuso en el alfoz de Divina, y también una Zuhiabarrutia en el de Osingani. Por su ubicación, la similitud del nombre y los tributos que se les asignan, parece claro que Zuffia está relacionado con el actual Zuya. Juan Antonio Llorente identificó en 1807 Zuffia de Suso con la actual Cigoitia y Zuffia de Iusso con Zuya, y explicó que suso se traduce al euskera como goitia, de modo que los monjes riojanos escribirían Zuffia de Suso lo que localmente se diría Zuffia-goitia. La edición en euskera añade que Julio Caro Baroja situaba el límite entre ambas en el puente sobre el Zadorra.
Después el nombre aparece como Zuhigutia (1233), Çoygoitia (1257), Zuigoitia (1338) y finalmente Cigoitia en 1457. Entre los vascohablantes parece haberse conservado la forma original: se ha recogido recientemente Suiguitixe (Zuigoitia) en boca de hablantes nativos de Villarreal de Álava. El vecino Zuffia de Yuso acabó siendo conocido como Zuya.
En las fuentes consultadas no hay datos sobre la historia del municipio, más allá de las menciones del nombre que figuran arriba.